军方和汽车人之间的秘密合作计划面临被取消的危险，而复活的威震天和红蜘蛛带领霸天虎军队密谋夺取能源，试图在地球上掀起另一场血腥风暴。此时，主人公Sam告别了他的女朋友Michaella，即将开始他渴望已久的大学生活。然而，一切似乎都不那么顺利。一小块魔方似乎给了山姆某种启示。为了获得魔方中的信息，霸天虎开始追杀山姆。擎天柱牺牲了自己来保护山姆。在他的鼓舞下，山姆决定再次执行他的任务。在室友利奥和“机器战士”西蒙斯的帮助下，山姆和女友米凯拉根据魔方碎片给他的提示来到了埃及。他们在金字塔里发现了一种能源。这时，霸天虎的军队也到达了埃及。此时，应西默斯的请求，一队军队也带着擎天柱的尸体抵达埃及。正义与邪恶的力量在那片金色的沙漠里展开了一场生死搏斗。